1999年の日本。空条承太郎がエジプトで、ジョースター家とDIOとの100年間に渡る因縁に決着をつけてから、10年以上の月日が流れた。承太郎は海洋冒険家になっていた。 物語は、杜王町に住む高校生広瀬康一の視点で語られていく。 空条承太郎は、M県S市杜王町に住む高校生・東方仗助に、彼がアメリカの不動産王となったジョセフ・ジョースターの婚外子であることを伝えるために街を訪れる。遺産分配のことが問題となっていた。仗助は気弱な性格だが、自慢のリーゼントをけなされると途端に豹変し、スタンド能力を発現させる。承太郎は、そのスタンドを目にし、スタンド使いであったジョセフの能力が遺伝していたことと、それに伴う杜王町に迫る危機を察知する。その後、凶悪なスタンド使いのアンジェロが潜んでいることが判明。アンジェロは、スタンド能力を覚醒させる「弓と矢」で射られてスタンドを発現させており、その何者はDIOと深い関わりを持っていることがわかってくる。 杜王町では、何者かが「弓と矢」で無差別に人を射り、スタンド使いを増やし続けている。ある日、学校から帰宅途中の康一と仗助は虹村億泰とその兄の虹村形兆に因縁をつけられ、康一は「弓と矢」で射られてしまう。形兆の「バッド・カンパニー」の攻撃に傷つきながらも撃破した仗助は「弓と矢」を破壊しようとするが、何者かに奪われる。