凶悪化する喰種に対処すべく、喰種対策局(CCG)は特殊な実験対集団を新設した。その名はクインクス班。新たに考案された「クインクス施術」によって、喰種の赫胞を人体にインプラントし、喰種と同等の能力を備えた捜査官を養成しようという試みだ。そのメンバーは、適性によって選ばれたCCGアカデミー・ジュニアの卒業生たち。班長の瓜江久生二等捜査官、三等捜査官の不知吟士、同じく三等の六月透と米林才子の4人だ。そして彼らの指導官として抜擢されたのが、一等捜査官の佐々木排世である。排世自身もまた、クインクスたちとは違った意味で実験的な存在だった。彼はかつて金木研と呼ばれていたSSレート喰種。かつての記憶を封印され、喰種を狩る立場となった青年は、迷いと悩みを抱えながら、新たな人生を歩み出す。