各地を転々と移動する旅芸人一座で働く新人のアカメとツクシは、次の街へ向かう道すがら、山賊と遭遇する。地元でも悪評高い彼らに怯(ひる)む旅芸人一行だが、アカメとツクシはこれを難なく撃退。それを見た旅芸人一座を率いる座長は、2人の少女の腕を見込んで、自分たちの正体を明かす。旅芸人の正体は、腐敗した帝国を変えようと目論む、反乱軍の一派だったのである。 アカメたちは一瞬驚きを見せるが、その話を聞いた次の瞬間、旅芸人一座を暗殺。実はアカメたちは、帝国が作り上げた選抜組の一員であった。反乱軍の存在こそが不幸を招く、と教えられ育ってきた無垢な少年少女たちは、その先がいばらの道だとも知らずに、来たるべき真の平和を願って戦い続ける。