友枝小学校の小学4年生、木之本桜は父・藤隆と兄・桃矢の3人暮らし。 ある日、桜は藤隆の書庫から不思議なカードが入った本の封印を解いてしまい、カードを街に解放してしまう。 それは、この世に災いが訪れるという、魔術師クロウによって作られた『クロウカード』。 桜は同時に甦った封印の獣ケロベロスと共に、カードキャプターとしてカード集めを手伝うことになるのだった。