千年前の「火の七日間」と呼ばれる最終戦争により、巨大産業文明は崩壊し、「腐海（ふかい）」と呼ばれる菌類の森に世界は覆われていた。生き残った人類は、腐海が放つ猛毒と、そこに棲む巨大な虫たちに脅かされていたが、辺境にある「風の谷」は、酸の海から吹く風によって森の毒から守られ、のどかな農耕生活を送っていた。族長の娘であるナウシカは、住民から深く敬愛されており、人が恐れる腐海の虫とも心を通わせる少女だった。