400年続く妖（あやかし）退治の専門家、結界師一族の家に正統継承者として生まれた墨村良守（すみむら よしもり）。隣に住む雪村時音（ゆきむら ときね）も良守と同じ結界師だが、両家は犬猿の仲。良守と時音が守っているのは妖を呼び寄せ、その力を高めてしまう烏森（からすもり）の地。2人は夜になると結界術を使い、烏森の地に建つ私立烏森学園に集まってくる妖を退治している。良守はかつて自らの失策により、時音が妖の攻撃から自分をかばい大怪我を負ってしまったことを後悔し、二度と時音や自分の周りの人々が傷つかないようにするため、強くなることを心に誓うのであった。やがて良守と時音は、妖犬の斑尾の旧友・鋼夜（こうや）との戦い、夜行に所属する少年・志々尾 限（ししお げん）との出会いと妖の組織・黒芒楼（こくぼうろう）との対決、良守の兄・墨村正守との葛藤、人の心を喰らう魔物・邪煉（じゃれん）に対して封魔師・金剛毅（こんごう たけし）と共闘、戦闘用の妖・黒兜（くろかぶと）との死闘、など様々な出来事を通して成長していく。そんな中、烏森に現れた巫女・サキによってある予言がもたらされる。「恐れよ…血の臭い纏いし災いの神…この地に舞い降りん」。今、裏会を中心に何かがおきようとしていた。