かつて大規模なデータテロにより全世界のデジタル記録が消失し、文明が衰えていく中、そのデータの復旧事業を行う財団「DRF」が世界を牛耳るようになった未来の地球。西暦3005年、DRFは人類にとって7世紀ぶりとなる火星への有人飛行を成功させた。翌年、未知のウイルス「N5Sウイルス」が地球に持ち帰られ、〈ドローン禍〉という災厄が地上に蔓延する。東亜重工のエージェント・庚造一はDRFの管理下にある人工島に潜入し、そこでDRFの下部組織と戦闘するが、東亜重工も敵の攻撃に遭い、壊滅。直後、武力を背景にしたDRFは世界統一政府の発足を宣言する。そして造一と仲間たちは、DRFの進める人類総改換計画を巡って戦い続ける。その計画とは本来、N5Sウイルスを用いて人類の不老不死化を目指すものだったが、DRFの二代目総主・ニアルディは別の可能性を考えていた。ニアルディの強行によって地球の環境は大きく変容する。造一たちは新たな世界に君臨しようとするニアルディを止めるため、長きにわたる旅を経験する。