私立誠教学園には古くからさまざまな怪奇現象や、七不思議にまつわる伝承が残されていた。そしてそれらの謎には常に、夕子という幽霊が関わっていた。中等部1年の新谷貞一は、怪奇現象が多いといわれる旧校舎を訪れたとき、1人の美少女と出会う。誤って胸を触ってしまった彼女、庚夕子は実は幽霊で、数々の伝承でいわれている夕子本人だった。夕子は記憶をなくしており、死ぬことになったいきさつも知らないという。そこで、夕子の過去に深い関係がありそうな七不思議や怪奇現象について調査する「怪異調査部」を発足。夕子にまつわる謎をひとつずつ解明していくのだった。