体が石化してしまう、治療法のない奇病「メデューサ」。病気にかかった人の中から世界で160人がコールドスリープカプセルセンターに集められ、冷凍睡眠に入って、治療ができる未来を待つことになった。選ばれた一人の少女カスミ。カプセル内でふと目を覚ますと、そこはいばらに飲み込まれた廃墟。コールドスリープカプセルセンター内は突然変異した怪物が駆けまわる異常な場所に変貌していた。囚人でありCIAのスパイ、マルコ・オーエンらと共に、わずか生き残った数人でこの施設からの脱出を試みる。実はこの施設はただ冷凍睡眠のためではなく、ある目的があって作られていた。カスミとマルコ・オーエンたちは、「メデューサ」の謎に挑む。