高校3年生の丈槍由紀は「学園生活部」という、その名の通り学校で食事や寝泊まりをしながら、生活する部活に所属している。設備の充実した校内、親しい生徒達、そして部員の恵飛須沢胡桃、若狭悠里、顧問を務める佐倉慈の三人と楽しく生活する由紀だったが、実はそれはすべて、由紀が見ている幻であった。現実の校内は、由紀が見ている世界とはまるで違う悲惨な状態となっており、校内には「かれら」と呼ばれるゾンビのような、動く人間の死体であふれかえっていた。さらに、慈はすでに亡くなっており、校内の生存者は由紀、胡桃、悠里の三人しかいない。しかし、胡桃と悠里は由紀を尊重して、あたかも慈がそこにいるかのように振る舞っていた。屋上で野菜を育て、家計簿をつけて資源を管理し、「かれら」が現れれば倒しながら、三人は何とか学園生活を続けていく。ある日三人は、自分達の生存を伝えるため、屋上から手紙を飛ばす事を思いつく。そしてそれは、ショッピングモール「リバーシティ･トロン」で避難生活を送る少女、直樹美紀の目に留まるのだった。