「あらゆるものに小さな穴を開ける」というちょっとした超能力のような特技を持つ大学生・南丸。幼い頃、祖父から教わったこの力のおかげで、漠然と自分を特別な人間と思い込みながら育ったが、穴といってもせいぜいペン先でつついた程度のもの。実際にはこの「不思議だが何の役にも立たない能力」を持てあます怠惰な学生であり、4年生になっても就職活動もろくにせず呑気に毎日を過ごしている。そんなある時、同じ大学の民俗学教授・丸神正美から突然の呼び出しを受け、研究室を訪ねた。当の丸神は不在であったが、研究室のメンバーと交流を重ねるうち、丸神も自分と似たような能力を持つらしいこと、丸神家と南丸家が東北地方のある豪族を共通の祖先にもつ可能性があること、当地の合戦場跡から穴の開いた甲冑や人骨が多数見つかっていることなどが分かってくる。同じ頃、かつて「丸神の里」と呼ばれたその土地、現在のA県丸川町において奇妙な殺人事件が発生した。頭部が大きなスプーンで抉り取られたような死体だったことから注目を浴び、ワイドショーでも取り上げられるほどのニュースになっていた。自分の力と何か関係があるのか？気になった南丸は、失踪した丸神の消息をつかむ目的を兼ね、研究室のメンバーと共にその町を訪れる。そこで地元の人々や様々な出来事と関わるうち、徐々に力の正体を知っていくととなる―。