人類が増え過ぎ、宇宙に移民させるようになって半世紀が過ぎた宇宙世紀0079。スペースコロニー･サイド3は「ジオン公国」を名乗り地球連邦政府に対して独立戦争を挑んで来た。その戦闘の中、ジオン軍のモビルスーツ･ザクを率いたシャア･アズナブルの部隊が、スペースコロニー･サイド7へと現れる。サイド7に住む少年アムロ･レイは、ひょんな事から地球連邦軍が極秘に開発したモビルスーツ･ガンダムに乗り込みザクを撃破する。アムロはブライト･ノアの指揮する地球連邦軍の新造戦艦ホワイトベースに、多数の避難民と共にガンダムのパイロットとして乗り込む事となるが、さらにそこへシャアの率いる新手が追撃して来る。ホワイトベースの任務は、地球連邦軍の本拠地である南米のジャブローへガンダムを輸送する事にあった。シャアの追撃をかわしながら、アムロ達は南米のジャブローを目指して地球へと降下する。だが、シャアから連絡を受けたガルマ･ザビがそれを待ち受けていた。