人類がノーマンズランドで活動してから最大の災厄とされる「フィフス･ムーン」から2年が経過した。その主犯と目されたヴァッシュ･ザ･スタンピードが、最重要参考人として高額の賞金がかけられ指名手配されていることは、ニコラス･D･ウルフウッドやメリル･ストライフも知ることになる。一方、当のヴァッシュは自らの行動で、危うく未曽有（みぞう）の大災害が起きるところであったために表舞台から姿を消していた。ヴァッシュは辺境の地域で「エリクス」を名乗り、新たに知り合ったリィナやシェイルと共にトラブルを解決したり、賞金稼ぎのチンピラをあしらう日々を送っていた。そんな中、ヴァッシュの名前を騙（かた）る偽物のガンマンが現れ、ヴァッシュに不意打ちを仕掛けたうえでリィナを連れ去ってしまう。自立種ゆえの耐久力が幸いして軽症だったヴァッシュは、ゴタゴタの中で居場所を探り当てていたウルフウッドと再会すると、偽物のガンマンとその一味を倒してリィナを助ける。その後、ウルフウッドからミリオンズ･ナイブズが再び暗躍していることを聞いたヴァッシュは、リィナたちに別れを告げてウルフウッドと共に旅立つ。そして、ベルデルナリ保険協会の意を受けたキール･バルドウが引き起こした騒動や、ポロ家の装甲列車襲撃事件など、さまざまな事件を解決する中で、育ての親であるレム･セイブレムを思い出し、改めてナイブズが率いるGUNG-HO-GUNSと向き合う決意を固める。一方、ヴァッシュが復活を果たしたことは、GUNG-HO-GUNSの一人であるレオノフ･ザ･パペットマスターの耳にも入っていた。