不発弾の事故で、皮膚の3分の1がただれ、14カ所が離断、内臓も4カ所で破裂という状態で生存が絶望視された少年間黒男は、名医本間丈太郎の手術により命を取り留める。彼は、事故を引き起こした者たちへの復讐を胸に秘め、医者を目指す。やがて間黒男は、天才的な腕を持ちながら医師免許を持たず、法外な治療費を請求する悪名高い外科医ブラック・ジャックとして知られるようになる。