ゲーム好きの内気な少年武藤遊戯は、祖父からもらった立体パズル・千年パズルを完成させ、不思議な力を持った闇遊戯と体を共有するようになる。闇遊戯は、敗者を罰ゲームで懲らしめる闇のゲームで悪人との戦いを開始する。友人の城之内らと「マジック＆ウィザーズ」をプレイしていた武藤遊戯は、祖父の双六のカード「青眼の白龍」を海馬瀬人に盗まれ、これを奪い返すため、闇遊戯は海馬に「闇のゲーム」で挑む。