謎の生命体奇居子によって太陽系が滅ぼされてから1000年。恒星間宇宙船シドニアは、人類存続をかけた播種船として、広大な宇宙を旅していた。産まれてからずっと、地下で暮らしてきた谷風長道は、亡き祖父斎藤ヒロキの言いつけを破り、食料を求めて地上へと脱出。米泥棒として捕らえられた長道は、シドニアの艦長小林と出会う。奇居子からシドニアを守る人型ロボット・衛人の操縦士にならないかと小林に誘われた長道は、正規操縦士となるべく、訓練生としての日々を送ることとなる。ある日、長道は氷塊採掘任務のため名機継衛に乗って小惑星へと向かうが、作業を開始した直後、約100年ぶりとなる奇居子の襲撃を受ける。その場をしのぎ、無事シドニアへ帰還する長道。しかし、その後討伐隊として奇居子の元へ向かったシドニアのトップチームの全滅を受け、奇居子討伐に必要なカビザシの回収任務を命じられる。同級の訓練生とともにカビザシ回収に向かう長道だったが、その途中で奇居子の標的となり絶対絶命の危機に陥る。しかし、長道は漂流していたカビザシを使い、思いもよらぬ方法で奇居子を撃破、シドニアを救った英雄としてその名を広めるのであった。